Estoy realizando un hardening a Freenas. Uno de los cambios es solo el uso de TLSv1.1 y TLSv1.2 pero al modificar los config de nginx y al reiniciar el servidor freenas, no se guardan los cambios.
No se recomienda cambiar directamente la instalación de FreeNAS (ya que, como te sucede, muchos valores se restauran al reiniciar), sino hacer una instalación nueva en una Jail.