Ciao
Non mi e' chiaro cosa vuoi fare. Per mettere i file da un PC su FreeNas devi in qualche modo condividere uno spazio su disco (tramite samba ad esempio). Poi la stessa condivisione la usi dentro PlexServer.
Oppure se usi il Plugin Plex di FreeNas monti direttamente la directory con i film usando i MountPoint quando crei il plugin (comunque per caricare i file nella directory la devi condividere o usare qualcosa tipo WinSCP se carichi i file da Windows verso FreeNAS).