Только что проврил -- у меня работает. А ZFS pool для данных у тебя какой-то создан/импортирован? FreeNAS позволяет выбрать только файлы в пределах /mnt куда он монтирует pool'ы/dataset'ы с данными.
Еще раз перечитать системные требования. FreeNAS не использует загрузочный диск для хранения данных. Если диск в системе только один, то отдай его под данные, а грузи с USB флешки. Или вставь другой диск или SATA DOM (лучший вариант).