Я не знаю, в чем именно дело, но так и есть: тома zfs не желают работать с переустановленной системой. Решения не знаю, кроме как иметь резервную копию всей системы. Поскольку Freenas ставится на флешку, сделать резервную флешку легко и недорого.
Сильно подозреваю, что это - финиш, и спасти данные не получится. Хотя глубоко знающий специалист может что и придумает.