Если честно, никогда не работал с OwnCloud и довольно давно с CIFS, но на сколько я понимаю, общая практика FreeNAS в данный момент в том, чтобы по возможности не смешивать разные типы доступа к одной и той-же папке, так как это очень часто вызывает проблемы с правами -- попытки смешать UNIX permissions и CIFS ACL до добра не доводят, если только это не случай простейшего read-only.