Ну дык всё зависит от загрузочного диска - недаром же загрузчик слетел.
Если есть уверенность, что это случайность, а не битые сектора - то проще загрузчик восстановить.
Если вы сохраняли конфигурацию - то IMHO, проще поставить новый FreeNAS и восстановить конфигурацию.