Я не знаю как делаются бакапы MSSQL, но ты уверен что два последовательных бакапа будут иметь те-же смещения данных относительно блоков? Если они сжаты, то я полагаю изменение какого-то байта в наяале файла может изменить все смещения в нем и dedup не найдет совпадений. В общем, как сказали выше -- надо проверять.
С другой стороны, бакапы могут писатьться большими блоками (в отличие от iSCSI, что многие пытаются использовать с dedup), так как их не нужно модифицировать после записи, а это сильно облегчает работу dedup, сильно уменьшая объем метаданных.